FlyArystan лоукостер-әуекомпаниясының құрылуы 2018 жылы «Эйр Астана» АҚ базасында талқыланып, шешімді «Эйр Астана» АҚ, «Самұрық-Қазына» ұлттық әл-ауқат қоры, британдық BAE Systems компаниясы және Қазақстан Республикасының тұңғыш Президенті Нұрсұлтан Назарбаев 2018 жылдың 2-ші қарашасында бекіткен.
2024 жылы FlyArystan Қазақстанның Авиациялық әкімшілігінен (ҚАӘ) жеке эксплуатант сертификатын (AOC) алып, қазақстандық авиациялық заңнама мен халықаралық стандарттарға сәйкестігін растады. Бұл әуекомпанияға жеке IATA кодына (FS) ие болып, халықаралық нарықтарға қатысуын кеңейтуге және басқа әуе жолдарымен ынтымақтастық орнатуға мүмкіндік берді.
FlyArystan – «Эйр Астана» АҚ-ның 100% еншілес компаниясы.